北京同仁堂第二中医医院坐落于南三环中路赵公口桥南，成立于1994年，2001年8月29日经北京市劳动保障局批准为北京市基本医联保险定点医疗机构，是同仁堂系统内的最早一家医疗保险定点医疗机构，2012年升级为一级医疗机构。
截至目前，医院设有8个临床科室(内科、中医科、专家门诊、特需门诊、理疗科、针灸科、按摩科、病房)；9个医技及辅助科室(检验科、放射科、B超室、功能检查科、膏摩室、中西成药房、草药房、挂号室、收费处)；10个管理科室(办公室、财务室、医保办、物价办、医务科、护理部、信息科、人力资源部、行政后勤部、安全环保部)；20张床位。
